2009年12月1日，云南省科学技术奖励委员会发布奖励公告，对获得2009年度云南省科学技术奖的200项科研成果正式对外公布。中国科学院昆明分院7项科研技术成果获得奖励，其中：昆明植物所“高山植物多样性的研究”和“虎皮楠中新颖结构生物碱的研究”、云南天文台“重要演化阶段上密近双星的观测研究”获自然科学一等奖；昆明植物所“滇东南及其临近地区种子植物多样性调查、研究和保护”、昆明动物所“吸血蜱与其宿主相互作用的分子机制研究”、云南天文台“伽马暴光变曲线及能谱的理论探讨与统计分析”获自然科学二等奖；昆明植物所“普洱茶植物基原、物质基础、质量评价体系和后发酵技术研究”获科技进步三等奖。
　　此外，中科院昆明植物所参加完成的“云南野生食用菌的振动光谱鉴别分类研究”、中科院南京土壤所参加完成的“集约化农业区非点源污染成因与防控体系研究”、中科院计算技术所参加完成的 “非规范知识处理的基础理论及处理技术研究”同获自然科学二等奖；中科院地理科学与资源所参加完成的“中国山区生态友好型土地利用研究—以云南省为例”获科技进步二等奖；中科院昆明动物所参加完成的合作成果“吸毒人员瞳孔快速检测鉴定仪”、中科院昆明植物所参加完成的院地合作成果“三七产业发展关键技术开发及集成示范”和“核桃地方良种选育与丰产栽培技术研究示范”、中科院微生物所参加完成的合作成果“降碱增香微生物的研究与应用”、中科院大连化学物理所参加完成的合作成果“名优卷烟相应化学指标特征及在"云烟"等品牌维护中的应用”、中科院地质与地球物理所参加完成的“山区高速公路膨胀土综合利用研究”同获科技进步三等奖。